재판부는 판결문에서 "과학적 연구를 위한 목적이라 해도 법적 테두리를 벗어나서 인간 난자를 이용한 데다, 허위 세금계산서 등을 이용한 사기ㆍ횡령액이 8억3천만원에 달하고 피해자에 반환하지 않는 등 죄질이 중하다"고 밝혔다.
재판부는 하지만 "난자 이용시 법적 자문을 구하고 사기ㆍ횡령한 금전을 개인적 치부나 사적인 용도가 아닌 연구와 관련된 일에 사용했으며, 탁월한 연구 업적을 남기는 등 참작 사유가 있어 잘못이 작지 않지만 실형을 선고할 정도는 아니다"고 밝혔다.
재판부는 황 박사의 논문조작 사실과 함께 정부지원 연구비 관련 사기와 횡령, 난자의 불법 이용 등의 혐의에 대해 유죄를 인정했다.
그러나 논문조작으로 SK와 농협에서 20억원의 연구비를 받아낸 특정경제범죄가중처벌법상 사기 혐의에 대해선 무죄를 선고했다.
황 박사와 함께 기소된 김선종 전 연구원은 징역 2년에 집행유예 3년, 이병천 서울대 교수는 벌금 3천만원, 강성근 전 서울대 교수는 벌금 1천만원, 윤현수 한양대 교수는 벌금 700만원을 각각 선고받았고, 장상식 한나산부인과 원장에겐 선고가 유예됐다.
황 박사는 2004∼2005년 사이언스지에 조작된 줄기세포 논문을 발표한 이후 환자맞춤형 줄기세포 실용화 가능성을 과장해 농협과 SK에서 20억원의 연구비를 받아내고 정부지원 연구비 등을 빼돌린 혐의 등으로 2006년 5월 불구속 기소돼 3년4개월 동안 재판을 받아왔다.
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